Dopo la vaccinazione infantile di routine contro la malattia da Haemophilus influenzae di tipo b (Hib) in Brasile nel 1999, la sorveglianza passiva di laboratorio ha riportato un numero crescente di sierotipi non-b e di H. influenzae non tipizzabile (NTHi) da casi di meningite. Per caratterizzare questo aumento, abbiamo analizzato i dati relativi a 3910 H. influenzae isolati dal liquido cerebrospinale o dal sangue di casi di meningite inviati al laboratorio nazionale di riferimento per la sierotipizzazione dal 1990 al 2008. L'Hib rappresentava il 98% degli isolati di H. influenzae meningite ricevuti nel periodo 1990-1999 rispetto al 59% del periodo 2000-2008, mentre i sierotipi non B sono aumentati dall'1% al 19% e l'NTHi è aumentato dal 2% al 22% degli isolati di H. influenzae ricevuti nei due periodi. Percentuali più elevate di sierotipi non-b e NTHi rispetto all'Hib sono state isolate dal sangue piuttosto che dal liquido cerebrospinale. I tassi di incidenza stimati per la meningite da H. influenzae nello stato di San Paolo sono rimasti al di sotto di 1 caso per milione di abitanti nel periodo 2000-2008, sebbene l'incidenza annuale della meningite da NTHi (media, 0,03 casi per 100.000 abitanti) sia aumentata in diversi gruppi di età. I cambiamenti nella sorveglianza dell'H. influenzae in seguito all'introduzione del vaccino coniugato Hib hanno probabilmente contribuito all'aumento del numero di isolati di meningite da H. influenzae non B e non tipizzabile ricevuti dal laboratorio nazionale di riferimento.