Secondo il CDC americano, i problemi che possono derivare dopo la vaccinazione con il vaccino coniugato pneumococcico 13-valente (PCV13), vaccino pneumococcico polisaccaridico 23-valente (PPSV23) e qualsiasi altro vaccino includono:^(1-2)

• Reazioni allergiche gravi che si verificano entro pochi minuti o poche ore dalla vaccinazione.
• Forte dolore alla spalla che limita i movimenti del braccio in cui è avvenuta la somministrazione.
• Svenimento o collasso dopo la vaccinazione. Può essere consigliato di rimanere seduti o sdraiati per circa 15 minuti dopo la vaccinazione per evitare svenimenti e lesioni che potrebbero derivare da una caduta. È importante informare il medico curante in caso di ronzii alle orecchie, alterazioni visive o vertigini dopo la vaccinazione.

Effetti collaterali del vaccino PCV13 (Vaccino Coniugato Pneumococcico)
Le reazioni avverse in seguito alla somministrazione del PCV13 variano in base alla dose della serie e all'età del ricevente. Nei bambini, le reazioni più comunemente segnalate sono state irritabilità, sonnolenza, perdita di appetito, arrossamento, dolore o gonfiore nel sito del vaccino e febbre lieve o moderata.
I bambini che hanno ricevuto il PCV13 contemporaneamente al vaccino antinfluenzale inattivato sono risultati a maggior rischio di convulsioni febbrili.
Negli adulti sono stati segnalati soprattutto arrossamento, gonfiore e dolore nel sito di iniezione, affaticamento, febbre, brividi, mal di testa e dolori muscolari.⁽³⁾

Reazioni avverse di Prevenar 13 (PCV13) segnalate nei neonati e nei bambini durante gli studi clinici pre-approvazione:⁽⁴⁾ dolore nel sito di iniezione, gonfiore, arrossamento, febbre, diminuzione dell'appetito, aumento e diminuzione del sonno, irritabilità, diarrea, vomito, eruzione cutanea, orticaria, reazione di ipersensibilità che comprende broncospasmo, gonfiore del viso e respiro affannoso, convulsioni, polmonite, gastroenterite,  bronchiolite, morte (segnalata come SIDS).

Reazioni avverse di Prevenar 13 (PCV13) riportate negli adulti durante gli studi clinici pre-approvazione:⁽⁵⁾ dolore, gonfiore e arrossamento nel sito di iniezione, limitazione dei movimenti delle braccia, febbre, vomito, brividi, dolori muscolari, affaticamento, cefalea, diminuzione dell'appetito, eruzione cutanea, dolori articolari, decesso (i decessi riportati negli studi clinici pre-approvazione includevano decessi per cancro, disturbi cardiaci, peritonite, infezione polmonare da Mycobacterium avium complex e shock settico).

Reazioni avverse di Prevenar 13 (PCV13) riportate dopo la commercializzazione:⁽⁶⁾ Cianosi, linfoadenopatia nel sito di iniezione, anafilassi, shock, ipotonia, pallore, apnea, edema angioneurotico, eritema multiforme, prurito nel sito di iniezione, orticaria ed eruzione cutanea.

Gli studi clinici pre-approvazione del primo vaccino pneumococcico coniugato, Prevenar (PCV7), hanno confrontato la sicurezza di Prevenar (PCV7) con un vaccino sperimentale contro la meningite C, compromettendo seriamente la validità scientifica della sperimentazione.
Negli studi clinici precedenti all'autorizzazione di Prevenar (PCV7), i bambini dei gruppi che hanno ricevuto il vaccino pneumococcico hanno sofferto maggiormente di convulsioni, irritabilità, febbre alta e altre reazioni. Nel gruppo Prevenar (PCV7) si sono verificati 12 decessi, tra cui 5 decessi per sindrome della morte improvvisa del lattante (SIDS). Non sono stati completati studi a lungo termine per valutare se il vaccino Prevenar (PCV7), somministrato da solo o in combinazione con altri vaccini, avesse un'associazione con malattie croniche o disabilità, come lo sviluppo di diabete, asma, disturbi convulsivi, difficoltà di apprendimento, ADHD.⁽⁷⁾

Gli studi clinici di sicurezza pre-approvazione di Prevenar 13 (PCV13) hanno confrontato questo vaccino di nuova generazione con il vaccino Prevenar originale (PCV7), un vaccino non adeguatamente studiato per la sicurezza, e nel 2012 sono state segnalate preoccupazioni relative a un legame tra convulsioni febbrili e Prevenar 13 (PCV13).^(8-9)

Il PCV13 è risultato associato a un rischio elevato di convulsioni febbrili quando è stato somministrato indipendentemente⁽¹⁰⁾ e quando è stato somministrato in combinazione con il vaccino influenzale inattivato per via parenterale (IIV).⁽¹¹⁾ 

Alcuni studi hanno anche collegato il vaccino PCV alla sindrome di Guillain-Barre,⁽¹²⁾ alla polisierosite,⁽¹³⁾ alla spalla settica⁽¹⁴⁾ e all'eritema multiforme.⁽¹⁵⁾

Effetti collaterali del vaccino PPSV23 (Pneumococco polisaccaridico)
Secondo i CDC, circa il 50% dei soggetti che ricevono il vaccino polisaccaridico pneumococcico (PPSV23) manifesta dolore e arrossamento nel sito di iniezione. Anche dolori muscolari, febbre e reazioni localizzate più gravi possono verificarsi dopo la somministrazione del PPSV23.⁽¹⁶⁾

Reazioni avverse di PNEUMOVAX23 (PPSV23) riportate negli adulti durante gli studi clinici americani pre-approvazione:⁽¹⁷⁾ dolore al sito di iniezione, arrossamento, prurito, lividi e gonfiore, cefalea, brividi, febbre, diarrea, dispepsia, nausea, infezione delle vie respiratorie superiori, mal di schiena, dolore al collo, faringite, dolore muscolare, affaticamento, depressione, colite ulcerosa, dolore toracico, angina pectoris, insufficienza cardiaca, tremore, rigidità, sudorazione, ictus, radicolopatia lombare, pancreatite, infarto del miocardio, morte. 

Quasi l'80% dei soggetti che hanno partecipato agli studi clinici pre-approvazione ha manifestato una reazione avversa nel sito di iniezione dopo la rivaccinazione a tre-cinque anni dal vaccino iniziale. Anche il tasso di reazioni avverse sistemiche (cefalea, affaticamento, mialgia) in seguito alla rivaccinazione con PPSV23 è stato più elevato, con il 33% degli adulti di età pari o superiore a 65 anni e il 37,5% degli adulti di età compresa tra 50 e 64 anni che hanno riportato una reazione avversa.⁽¹⁸⁾

Reazioni avverse di PNEUMOVAX23 (PPSV23) riportate dopo la commercializzazione:⁽¹⁹⁾ Reazioni anafilattoidi, malessere da siero,edema angioneurotico, artrite, artralgia, vomito, nausea, diminuzione della mobilità degli arti, edema periferico nell'arto in cui è avvenuta l'iniezione, febbre, malessere, cellulite, calore nel sito di iniezione, linfoadenopatia, linfoadenite, leucocitosi, trombocitopenia in pazienti con porpora trombocitopenica idiopatica stabilizzata, anemia emolitica in pazienti che hanno avuto altri disturbi ematologici, parestesia, sindrome di Guillain-Barré, radicoloneuropatia, convulsioni febbrili, rash, eritema multiforme, orticaria, reazioni simili alla cellulite. 

Sebbene il PNEUMOVAX23 (PPSV23) sia approvato per l'uso nei bambini a partire dai due anni di età con condizioni quali malattie cardiache e polmonari croniche, diabete, impianti cocleari, perdite di liquido cerebrospinale, anemia falciforme, asplenia funzionale o anatomica e immunosoppressione, non sono disponibili informazioni sulla sicurezza o sull'efficacia del vaccino nei bambini dal foglietto illustrativo del vaccino.⁽²⁰⁾

Alcuni studi hanno collegato il PPSV23 a reazioni infiammatorie sistemiche⁽²¹⁾ e febbre.^{(22-23-24-25-26)}