Dagli anni '80, le notifiche di pertosse negli Stati Uniti sono aumentate. Per determinare i tipi di Bordetella pertussis responsabili di questi aumenti, abbiamo suddiviso 661 isolati di B. pertussis raccolti negli Stati Uniti nel periodo 1935-2009 in 8 periodi legati all'introduzione di nuovi vaccini o a cambiamenti nel calendario vaccinale. La diversità della B. pertussis è stata massima nel periodo 1970-1990 (94%), ma è scesa al ≈ 70% dopo il 1991 ed è rimasta costante. Nel periodo 2006-2009, l'81,6% dei ceppi codificava il tipo di sequenza multilocus prn2-ptxP3-ptxS1A-fim3B, e il 64% era costituito da analisi multilocus a numero variabile di ripetizioni tandem di tipo 27. Le tendenze degli Stati Uniti sono coerenti con quelle osservate a livello internazionale; la comparsa e la predominanza dell'allele fim3B è stata l'unica caratteristica molecolare associata all'aumento delle notifiche di pertosse. I cambiamenti nella composizione e nello schema del vaccino non sono stati la pressione selettiva diretta che ha portato ai cambiamenti allelici presenti nell'attuale popolazione di B. pertussis.