La patogenesi della fibromialgia continua a suscitare dibattiti e sono stati chiamati in causa molteplici fattori scatenanti. La presente rassegna riassume i dati disponibili che collegano la fibromialgia alle infezioni o alle vaccinazioni. Diversi agenti infettivi sono stati associati allo sviluppo di una fibromialgia vera e propria (ad esempio, l'epatite C) o a complessi di sintomi ampiamente sovrapponibili a questa sindrome (ad esempio, la malattia di Lyme cronica). I casi di malattia di Lyme, micoplasma, epatite C e HIV sono descritti in dettaglio. Nonostante le associazioni descritte, non sono disponibili prove che dimostrino l'utilità di un trattamento antibiotico o antivirale nella gestione della fibromialgia. Vengono esaminati i possibili legami meccanici tra la fibromialgia e l'HIV. Sono state descritte associazioni tra varie vaccinazioni e complessi di sintomi, tra cui la fibromialgia e la sindrome da fatica cronica. Viene discusso il caso della sindrome della Guerra del Golfo, un'entità funzionale multisistemica che condivide molte caratteristiche cliniche con la fibromialgia, ponendo l'accento sulla possibilità di associazione con la somministrazione di vaccinazioni multiple durante il dispiegamento nel Golfo Persico e l'interazione con lo stress e il trauma. Sulla base di questo esempio, viene proposto un modello in cui le vaccinazioni funzionano come co-trigger per lo sviluppo di disturbi funzionali, tra cui la fibromialgia, in combinazione con altri fattori contribuenti.