La disfunzione autoimmune di alcuni neuropeptidi vasoattivi (ad esempio, il peptide intestinale vasoattivo, il polipeptide attivante l'adenilato ciclasi ipofisaria) può essere implicata in una serie di disturbi associati a stati di affaticamento (sindrome da stanchezza cronica, sindrome della guerra del Golfo) e persino alla sindrome della morte improvvisa del lattante (SIDS). L'importante ruolo di questi neuropeptidi vasoattivi li rende un bersaglio vulnerabile per le disfunzioni autoimmuni. È noto che sono associati a proteine da shock termico per il funzionamento intracellulare, con le quali possono formare complessi immunostimolanti. I frammenti di citosina guanina dinucleotide (CpG) sono frammenti di DNA potentemente immunogenici che fungono da sistemi di riconoscimento amico o nemico tra il DNA batterico (ipometilato) e quello dei mammiferi (metilato) e sono in fase di valutazione per l'idoneità all'uso nei vaccini umani come adiuvanti. Le interazioni tra frammenti CpG, proteine da shock termico e neuropeptidi vasoattivi possono essere associate a condizioni autoimmuni legate alla fatica.