Storicamente si ritiene che gli adiuvanti stimolino le risposte immunitarie in modo "non specifico". Recentemente, una rinnovata comprensione del ruolo critico dell'immunità innata nell'influenzare lo sviluppo di una risposta immunitaria adattativa ha portato i ricercatori a una migliore comprensione dell'"effetto adiuvante". Sebbene le cellule immunitarie innate non rispondano a specifici epitopi antigenici degli agenti patogeni, producono risposte limitate a particolari classi di agenti patogeni attraverso recettori di riconoscimento come i recettori Toll-like (TLR). È stato riscontrato che l'infezione da Coxsackievirus regola il TLR4 sui mastociti e sui macrofagi subito dopo l'infezione. Sebbene sia i topi sensibili che quelli resistenti producano una miscela di citochine Th1 e Th2, i topi sensibili presentano livelli maggiori di citochine proinfiammatorie chiave, un numero maggiore di mastociti e sviluppano una cardiopatia cronica autoimmune. Anche la segnalazione del TLR4 aumenta la miocardite acuta e le citochine proinfiammatorie nel cuore. Sono state descritte molte somiglianze nella patogenesi del Coxsackievirus e del modello di miocardite indotta da adiuvante, compresa l'upregolazione di particolari TLR e citochine subito dopo l'inoculazione. Recenti scoperte suggeriscono che l'attivazione dei mastociti da parte di virus o adiuvanti può essere importante nell'avvio della malattia autoimmune.