L'eziologia delle malattie autoimmuni non è ancora chiara, ma i fattori genetici, immunologici, ormonali e ambientali sono considerati importanti fattori scatenanti. Il più delle volte l'autoimmunità non è seguita da sintomi clinici, a meno che un evento aggiuntivo, come un fattore ambientale, non ne favorisca l'espressione manifesta. È noto che molti fattori ambientali influenzano il sistema immunitario e possono svolgere un ruolo di innesco del mosaico autoimmune.Infezioni: è noto che le infezioni batteriche, virali e parassitarie inducono ed esacerbano le malattie autoimmuni, principalmente attraverso il meccanismo del mimetismo molecolare. Questo è stato studiato per alcune sindromi come l'associazione tra LES e infezione da EBV, i disturbi neuropsichiatrici autoimmuni pediatrici associati all'infezione da streptococco e altro ancora. In diversi rapporti si è riscontrato che i vaccini sono temporalmente seguiti da una nuova insorgenza di malattie autoimmuni. Gli stessi meccanismi che agiscono nell'invasione infettiva dell'ospite si applicano anche alla risposta dell'ospite alla vaccinazione. Questa teoria è stata accettata per i vaccini contro la difterite e il tossoide tetanico, la poliomielite, il morbillo e il GBS. Questa teoria è stata accettata anche per la vaccinazione MMR e lo sviluppo di trombocitopenia autoimmune, la SM è stata associata alla vaccinazione HBV. Le esposizioni professionali e altre esposizioni chimiche sono considerate fattori scatenanti dell'autoimmunità. Esiste ancora un dibattito sul ruolo delle protesi di silicone nell'induzione di una malattia simile alla sclerodermia. Non solo sostanze chimiche e agenti estranei sono stati associati all'induzione dell'autoimmunità, ma anche un'esposizione ormonale intrinseca, come gli estrogeni. Questo potrebbe spiegare il dimorfismo sessuale nell'autoimmunità. Una migliore comprensione di questi fattori di rischio ambientali porterà probabilmente a spiegare i meccanismi di insorgenza e progressione delle malattie autoimmuni e potrà condurre a un efficace coinvolgimento preventivo in specifici gruppi ad alto rischio. Pertanto, quando si diagnostica un nuovo paziente con una malattia autoimmune, è necessario effettuare un ampio lavoro di anamnesi.