RotaTeq (RV5) è un vaccino vivo attenuato pentavalente contro il rotavirus (RV) ampiamente utilizzato. Sebbene lo shedding fecale dei ceppi vaccinali RV persista per lunghi periodi di tempo, non è chiaro come ciascun ceppo vaccinale si replichi nel tessuto intestinale e venga escreto nelle feci. Per esaminare questo problema, abbiamo creato dei saggi di trascrizione inversa in tempo reale (RT-PCR) specifici per il genotipo RV5. Sono stati progettati cinque saggi di RT-PCR in tempo reale per il gene VP7 nei genotipi G1, G2, G3, G4 e G6. Tutti i test hanno mostrato un'eccellente linearità e il limite di rilevamento è stato di 1 unità infettiva (UI)/reazione per G2, G4 e G6 e di 10 UI/reazione per G1 e G3. Non è stata osservata nessuna reattività crociata tra i genotipi G. I coefficienti di variazione inter- e intra-saggio erano inferiori al 3%. I test sono stati utilizzati per esaminare 129 campioni di feci raccolti da otto neonati che hanno ricevuto RV5. Nei casi 1 e 2, che hanno ricevuto tre cicli di vaccinazione, lo shedding di RV è diminuito gradualmente con il numero di vaccinazioni. Lo shedding di G1 e G6 è apparso predominante rispetto allo shedding degli altri genotipi. I modelli di diffusione fecale dei cinque genotipi di virus vaccinali differivano tra gli otto destinatari del vaccino. I saggi RT-PCR in tempo reale specifici per il genotipo RV5 saranno utili per studiare la biologia molecolare della replicazione di RV5 nei neonati e negli animali da esperimento.