Il vaccino di base utilizzato per la prevenzione della pertosse è il vaccino combinato che include una componente di pertosse a cellule intere e i tossoidi del tetano e della difterite. Sebbene questo tipo di vaccino sia utilizzato da più di 50 anni negli Stati Uniti e da più di 40 anni in Polonia, è ancora efficace, come dimostra la diminuzione del numero di casi di pertosse da quando il vaccino è stato introdotto. Esistono tuttavia alcune prove che il vaccino a cellule intere può portare a encefalopatia acuta, convulsioni febbrili, episodi ipotonico-iporeattivi, pianto inconsolabile o reazioni anafilattiche. Ma mancano ancora prove convincenti che il vaccino possa essere causa di danni cerebrali persistenti. È stato inoltre dimostrato che più lungo è il periodo successivo all'ultima dose di vaccino, minore è l'efficacia osservata. Il miglioramento della sicurezza del vaccino contro la pertosse è stato il motivo dell'introduzione dei vaccini acellulari negli anni Ottanta. Tutti questi prodotti contengono il tossoide della pertosse e alcuni di essi contengono anche emoagglutinina filamentosa, pertactina e agglutinogeni fimbriali. Alcuni studi pubblicati hanno dimostrato che l'efficacia di questi vaccini è simile a quella dei vaccini a cellule intere e che l'incidenza di alcuni eventi avversi, in particolare convulsioni, episodi ipotonico-iporeattivi e pianto inconsolabile, è inferiore.