Gli studi epidemiologici sul patogeno batterico Streptococcus pneumoniae, naturalmente trasformabile, sono stati in passato confusi dagli alti tassi di ricombinazione. Il sequenziamento di 240 isolati della linea multiresistente PMEN1 (Spain23F-1) ha permesso di distinguere le sostituzioni di basi dai polimorfismi derivanti dal trasferimento orizzontale di sequenze. Sono state rilevate oltre 700 ricombinazioni, con geni che codificano i principali antigeni frequentemente interessati. Tra queste, dieci eventi di cambio di capsula, uno dei quali ha accompagnato uno spostamento di popolazione, quando negli Stati Uniti sono emersi isolati di sierotipo 19A sfuggiti al vaccino, in seguito all'introduzione del vaccino polisaccaridico coniugato. L'evoluzione della resistenza ai fluorochinoloni, alla rifampicina e ai macrolidi è stata osservata in più occasioni. Questo studio illustra come la plasticità genomica all'interno di lignaggi di batteri ricombinanti possa consentire l'adattamento agli interventi clinici in tempi notevolmente brevi.