Le segnalazioni di sclerosi multipla sviluppatasi dopo la vaccinazione contro l'epatite B hanno portato alla preoccupazione che questo vaccino possa essere una causa di sclerosi multipla in soggetti precedentemente sani. Alcuni articoli hanno evidenziato che le proteine polimerasi minori del virus dell'epatite B (HBV) potrebbero essere prodotte da strategie trascrizionali o traslazionali alternative. La loro individuazione è molto difficile perché sono in concentrazione minima e probabilmente enzimaticamente inattive, tuttavia è stato dimostrato che potrebbero essere esposte all'esterno delle particelle virali ed essere anche immunogene. Inoltre, la polimerasi dell'HBV condivide significative somiglianze aminoacidiche con la proteina basica della mielina umana. Si ipotizza che alcune delle apparenti reazioni avverse al vaccino possano essere dovute a un processo chiamato di mimetismo molecolare; la polimerasi dell'HBV, che potrebbe essere un contaminante nei vaccini ricombinanti o derivati dal plasma, potrebbe agire come autoantigene e indurre malattie demielinizzanti autoimmuni come la sclerosi multipla.