Nel 2010, alcuni ricercatori hanno segnalato che i due vaccini contro il rotavirus autorizzati negli Stati Uniti contenevano DNA o frammenti di DNA del circovirus suino (PCV). Sebbene il PCV, un virus comune tra i suini, non sia ritenuto in grado di causare malattie nell'uomo, questi risultati hanno sollevato diversi problemi di sicurezza. In questo studio abbiamo cercato di determinare se i virus, compreso il PCV, potessero essere rilevati in campioni di tessuto ileale di bambini vaccinati con uno dei due vaccini contro il rotavirus. È stata utilizzata una nuova tecnologia di rilevamento del DNA ad ampio spettro, il Lawrence Livermore Microbial Detection Array (LLMDA), ed è stata condotta la conferma dei patogeni virali mediante la reazione a catena della polimerasi (PCR). La tecnologia LLMDA è stata recentemente utilizzata per identificare il PCV da un vaccino contro il rotavirus. Sono stati analizzati campioni di tessuto ileale di 21 soggetti, di età compresa tra 15 e 62 mesi. Il PCV non è stato rilevato in nessun campione di tessuto ileale né dall'LLMDA né dalla PCR. L'LLMDA ha identificato un rotavirus umano A in uno dei soggetti vaccinati, probabilmente dovuto a una recente infezione da rotavirus wild type. LLMDA ha anche identificato il parechovirus umano, una comune infezione virale da gastroenterite, in due soggetti. Inoltre, LLMDA ha individuato organismi batterici gastrointestinali comuni delle famiglie Enterobacteriaceae, Bacteroidaceae e Streptococcaceae in diversi soggetti. Questo studio fornisce un'indagine sugli agenti patogeni virali e batterici presenti nei campioni ileali pediatrici e può gettare luce su studi futuri volti a identificare associazioni di agenti patogeni con le vaccinazioni pediatriche.