In diversi Paesi sono stati istituiti programmi di vaccinazione contro il Rotavirus (RV) utilizzando il vaccino monovalente umano attenuato G1P[8] Rotarix (GlaxoSmithKline) e/o il vaccino pentavalente umano-bovino riassortito G1, G2, G3, G4, P[8] RotaTeq (Merck). L'efficacia di entrambi i vaccini è elevata (∼90%) nei Paesi sviluppati, ma può essere notevolmente inferiore nei Paesi in via di sviluppo. Ad esempio, in uno studio condotto nel 2007-2009 in Nicaragua con RotaTeq è stata osservata un'efficacia del vaccino contro la diarrea grave pari solo al 58%. Per comprendere il livello significativo di fallimento del vaccino in questo Paese, abbiamo sequenziato i genomi di RV recuperati da bambini nicaraguensi vaccinati con gastroenterite. I risultati hanno rivelato che tutti avevano specificità genotipiche tipiche dei RV umani (11 G1P[8], 1 G3P[8]) e che le sequenze e gli epitopi antigenici delle proteine del capside esterno (VP4 e VP7) di questi virus erano simili a quelli riportati per i RV isolati altrove nel mondo. Come previsto, nove dei virus G1P[8] e il singolo virus G3P[8] avevano costellazioni genomiche tipiche dei RV umani G1P[8] e G3P[8]: G1/3-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. Tuttavia, due dei virus G1P[8] presentavano costellazioni atipiche, G1-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N2-T1-E1-H1, a causa della presenza di un gene NSP2 (N2) di genotipo-2. La sequenza del gene N2 NSP2 era identica a quella del gene N2 NSP2 bovino di RotaTeq, indicando che i due virus atipici si sono originati tramite riassortimento di RV umani G1P[8] con virus RotaTeq. L'insieme dei nostri dati suggerisce che l'alto livello di fallimento del vaccino in Nicaragua non è probabilmente dovuto alla deriva antigenica dei ceppi virali comunemente circolanti né all'emergere di nuovi ceppi virali antigeneticamente distinti. Inoltre, i nostri dati suggeriscono che l'uso diffuso del vaccino RotaTeq ha portato all'introduzione dei geni del vaccino nei RV umani circolanti.