I rischi autoimmuni dei vaccini sembrano spesso trascurati. Mentre la maggior parte delle vaccinazioni disponibili dovrebbe produrre un'immunità di lunga durata, il fatto che possano anche produrre effetti immunitari dannosi a lungo termine sembra essere ignorato, come dimostra la breve durata degli studi sulla sicurezza durante lo sviluppo. Allo stesso modo, mentre sembra naturale affidarsi semplicemente a marcatori surrogati, come gli anticorpi, per dimostrare l'efficacia del vaccino, i livelli di evidenza richiesti per riconoscere gli effetti avversi sono molto più elevati. Le segnalazioni al Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS) sono considerate più conclusive quando sono rassicuranti rispetto a quando suggeriscono una tossicità significativa. A causa di questi palesi pregiudizi nella ricerca clinica e/o epidemiologica, gli esperti di autoimmunità e i critici dei vaccini si limitano a dimostrare i meccanismi teorici perché mancano le prove nella pratica.

Conosciuto come bias della valutazione selettiva, questo sbilanciamento nella dimostrazione dei benefici rispetto ai rischi è la bête noire della medicina basata sull'evidenza. Pertanto, se riadattato al livello dimostrativo normalmente considerato sufficiente nella ricerca clinica in generale e nella scienza dei vaccini in particolare, il corpus di dati sui rischi autoimmuni dei vaccini appare certamente più impressionante di quanto generalmente riconosciuto e richiede ulteriori ricerche, per una rivalutazione complessiva del rapporto benefici/rischi dei vaccini, comprese le vaccinazioni multiple. Poiché i vaccini sono ora finalizzati alla prevenzione di malattie che possono essere piuttosto rare, il principio di Ippocrate della prudenza è più che mai un tema di grande attualità.

Si potrebbero citare molti altri esempi di metodologia inadeguata, valutazione selettiva o dissimulazione dei dati. Ciò suggerisce che la ricerca e lo sviluppo sui vaccini sono ancora al livello zero della medicina basata sull'evidenza (EBM).
Se valutati con le stesse unità di misura utilizzate per altri farmaci, alcuni vaccini, e in particolare il vaccino contro l'epatite B, hanno un rapporto beneficio/rischio inaccettabile, soprattutto nei Paesi in cui le malattie che pretendono di controllare non sono endemiche.
Per ovvie ragioni di profitto, le minacce all'etica scientifica e medica del nostro lavoro hanno raggiunto un livello preoccupante: è responsabilità personale di ciascuno di noi resistere - e sostenere chi è più sotto pressione.