Diversi vaccini attualmente disponibili hanno mostrato differenze significative nell'entità delle risposte immunitarie e della tossicità negli individui sottoposti a vaccinazione. Nelle variazioni delle risposte immunitarie possono essere coinvolti diversi fattori, tra cui l'età, il sesso, la razza, la quantità e la qualità dell'antigene, la dose somministrata e, in parte, la via di somministrazione e la genetica del sistema immunitario. Di conseguenza, è indispensabile che i ricercatori dispongano di strumenti come la genomica e la proteomica per prevedere quale gruppo di popolazione ha maggiori probabilità di non rispondere o di sviluppare tossicità ai vaccini. In questo articolo, esaminiamo brevemente l'influenza dei biomarcatori farmacogenomici sull'efficacia e la tossicità di alcuni dei vaccini più frequentemente riportati, che hanno mostrato un alto tasso di variabilità nella risposta e nella tossicità nei confronti di epatite B, morbillo, parotite, rosolia, influenza e AIDS/HIV.