Dal precedente report sulle analisi metagenomiche del Gardasil 9 era emersa la presenza di frammenti L1 del genoma del virus HPV, ma non era stato identificato a quali tipi di papilloma virus appartengono (il vaccino contiene i ceppi 6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52, 58).

Dall’analisi in proteomica è risultato che mancavano i ceppi 11 e 58, ponendo un dubbio riguardo l’efficacia del vaccino, infatti l’assenza poteva essere interpretata in vari:

1. con al presenza della proteina antigenica ma sottosoglia;
2. con la presenza della proteina nella parte non identificata perché legata chimicamente all’alluminio e quindi indigeribile e insolubile (abbiamo il dubbio che la mancata digestione in vitro avvenga anche in vivo e questo impedisca la formazione di anticorpi specifici contro l’antigene vaccinale proteico, che ha bisogno di essere frammentato in peptidi corti per poter stimolare la risposta anticorpale corretta);
3. con l’assenza della proteina.

In ognuno dei casi la risposta immunitaria potrebbe essere parziale o nulla (all'interno del report una breve spiegazione di come avviene la risposta immunitaria).

Perché avvenga la risposta sia umorale, che porta alla formazione di anticorpi come avviene in seguito alla vaccinazione, l’antigene deve essere digerito ed esposto sulla membrana delle cellule presentanti l’antigene (APC).

Il processo di preparazione del vaccino coinvolge la sintesi ricombinante delle principali proteine L1 del capside che si autoassemblano in un guscio di 72 capsomeri pentamerici per formare particelle virali (VLP). Lo pseudovirus assemblato è molto simile al papillomavirus umano nativo ed è altamente immunogenico.

Dalle nostre analisi è stato confermato quanto segue

• Dallo studio in metagenomica dei frammenti L1 dei ceppi HPV vaccinali è risultato che il ceppo 58 è assente sia come DNA che come RNA, ciò può essere dovuto per le stesse ragioni per cui non si trova la proteina, in quanto anche il sequenziamento del DNA e dell’RNA potrebbe essere ostacolato dal legame con l’alluminio (come dimostrato nei suoi studi dal prof. Lee citati in seguito nelle note), oppure effettivamente potrebbe mancare l’antigene.
  
  
• L’assenza del DNA e la presenza dell’RNA per i tipi 16, 6, 11, 33, 52, 45, 31 sta ad indicare che i ceppi ci sono e c’è il riscontro anche nell’analisi con LC-MS con la rilevazione delle proteine, tranne per il ceppo 11.
  
  
• Il ceppo 20 non è dichiarato nella scheda tecnica perciò si può ritenere un potenziale contaminante.
  
  
• Le copie di virus indicate come Human papillomavirus e Unsigned Papillomaviridae sono pezzi dei frammenti L1 che non è possibile attribuire ad un ceppo specifico.
  
  
• Per approfondimento sono stati sequenziati i frammenti L1 presenti in maggior numero di copie, cioè i ceppi 18, 16, e 6 e sono stati confermati.
  
  
• Le implicazioni legate alla presenza di questi frammenti sono quelle già riportate dal prof. Lee nei suoi studi e cioè che la presenza dell’alluminio ne stabilizza la degradazione, potenziandone la capacità di attivare una potente risposta infiammatoria a lungo termine e di essere trasportati attraverso il sistema linfatico nei macrofagi in vari distretti dell’organismo.

In conclusione

• Assenza del ceppo 58 è confermata.
• Del ceppo 11 è presente solo l'RNA e con un numero di reads molto basso (6 reads).
• 545 reads del ceppo 20 sono una probabile contaminazione che attesta una non conformità rispetto alla scheda tecnica.

Download: CORVELVA-Approfondimenti-sequenze-L1-genoma-HPV-Gardasil-9.pdf