Nella fase di screening per la valutazione delle contaminazioni e impurezze del vaccino Priorix Tetra sono emerse varie criticità: la prima riguardava la non rilevazione del virus della rosolia con il livello di sequenziamento utilizzato; poiché questo risultato poneva il dubbio si trattasse di un errore nella procedura utilizzata, si è aumentato notevolmente il livello di sequenziamento fino a raggiungere un’altissima profondità (260 milioni di sequenze prodotte). In questo modo il virus della rosolia è stato rilevato in 114 copie, pari allo 0.00004% del totale delle sequenze e attraverso una lettura manuale delle sequenze è stato possibile eliminare qualsiasi fonte di errore del software utilizzato e confermare in maniera definitiva la presenza della rosolia nel campione.

Questa procedura però ha permesso di identificare anche i virus avventizi presenti in basso numero di copie, e ciò che si è visto è che il numero delle copie dei virus avventizi superava quello del numero di copie della rosolia. Quindi emergevano altre due questioni molto importanti da risolvere:

1. La rosolia presente nel vaccino è in quantità sufficiente per produrre un effetto immunogenico o si può considerare sottosoglia (cioè come una contaminazione avventizia)?
2. I virus avventizi sono realmente presenti? Se sì possono essere pericolosi?

Per quanto riguarda il punto 1) possiamo mettere in forte dubbio la capacità del virus attenuato della rosolia di agire come antigene immunogeno per il numero di copie trascurabile e per l’attenuazione che ne indebolisce ulteriormente l’efficacia, quindi possiamo considerarlo a tutti gli effetti un contaminante sottosoglia

Per quanto riguarda il punto 2) la lista dei virus avventizi rilevati con lo screening tramite il confronto con le sequenze depositate nelle banche dati ufficiali conteneva un numero consistente di virus la cui identificazione poteva essere stata attribuita erroneamente dal software che le ha classificate, proprio a causa del grado incertezza legato al bassissimo numero di copie. Per confermare la loro presenza è stato necessario verificarle una per una manualmente mediante un software diverso (BLAST) ed è stato così possibile confermare la presenza dei seguenti retrovirus contaminanti:

Questi virus sono noti per essere dei contaminanti avventizi dei vaccini ed è nota la loro potenziale pericolosità, motivo per cui i produttori sono tenuti a verificarne la completa assenza nel vaccino.

Ne segue che da questa analisi di approfondimento in questo vaccino sono confermate due non conformità sull’efficacia e la sicurezza:

• La presenza in bassissimo numero di copie (sottosoglia) della rosolia
• La presenza di virus avventizi potenzialmente pericolosi

Per quanto riguarda la conferma le tracce di altri genomi trovate nei dati RNA-seq  quali ‘unclassified bacterial and environmental viruses’ che include sequenze fagiche, ‘dsRNA virus’ e ‘unclassified RNA viruses ShiM-2016’ che include genomi virali poco conosciuti, è necessaria un’ulteriore analisi manuale di approfondimento per dimostrare la corretta assegnazione e l’effettiva presenza. La presenza del virus dell’epatite B NON è stata confermata dall’analisi BLAST.

Di seguito una tabella che riassuntiva di quanto descritto nel testo:

* Confermato manualmente con software BLAST

Download: CORVELVA-Approfondimenti-presenza-rosolia-e-virus-avventizi-Priorix-Tetra.pdf